14岁少女·大户爱在深夜散步的途中，随着神秘声音的指引，获得了一枚「蛋」。「如果想要改变世界的话」「那么就在现在做出选择」「请相信自己——」「打破这枚蛋——」而在打破「蛋」之后，等待着爱的是……。
公元2067年，以银河系边境的星系为中心，丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群，正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体，为了将这一症状镇静化，将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。 另一方面，“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“原始文明的遗产”之谜的交错当中，超越星系的热切恋情与友情的物语开幕。 《超时空要塞》新作动画《超时空要塞Δ》制作的消息于2014年10月发表。2015年9月正式确定标题，同年10月29日举办了制作发表会，12月31日放送特别节目。
故事发生在遥远的未来，彼时，大陆板块的活动令海水渐渐淹没了日本的大部分国土，人们不得不在海上建造起新的都市。随着时间的推移，海上都市的规模越来越大，航路越来越复杂，为了维持秩序，一种人们称之为“蓝色人鱼”的新型职业渐渐被大众所接收和憧憬，这份光荣的职业亦成为了很多女子高中生们未来奋斗的目标。 活泼开朗乐观向上的岬明乃（夏川椎菜 配音）、沉默寡言外冷内热的宗谷真白（Lynn 配音）、害羞内向但在熟人面前有着十分可爱的一面的立石志摩（古木望 配音）、傲娇毒舌非常在意自己身高的西崎芽依（种崎敦美 配音），这些个性迥异的女孩子们，是否能够实现她们心中的理想呢？
