女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
阿衰是一个弱势“坏学生”，他幽默滑稽、调皮捣蛋、擅长幻想、不讲卫生、最爱吃臭豆腐、上网，总是又倒霉又糗！上课睡觉，抄别人作业，喜欢放屁……阿衰这些坏习惯弄出了不少笑话。为了帮助阿衰改变，老师让阿衰当上了扫地组长。阿衰从此积极上进，半夜就到学校把校园扫的干干净净。最终，期末班干部表彰大会上，阿衰被评上了优秀班干部。爱哭的阿衰还有小冲、庄库、长条这几位“好朋友”，伴随着阿衰度过丰硕的校园生活。
