2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮...
悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。失去身体的阿尔冯斯，其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步冥国门前。许多年后，爱德华（山田凉介 饰）成长为这个国家中最年轻的钢之炼金术师，他与弟弟（水石亚飞梦 配音）上下一心，共同奔跑在寻找贤者之石的道路上。与此同时，神秘的人造人拉丝特（松雪泰子 饰）、恩维（本乡奏多 饰）盘桓这个国家的角落，她们策划者恐怖的勾当，一时间上空阴云密布…… 本片根据荒川弘的原作漫画改编。
某海岛上发现南越遗址，相传可能是南越丞相吕嘉的藏宝之处。台风将至，耳力超凡的野外生存专家吴痕受南越史学家顾临的邀请帮助考古队抢修文物，却意外发现一个与吕嘉年代相去甚远的洞窟，并由此踏上冒险旅程，一桩千年历史秘闻将浮出水面。
林益当年差多年，仍是散仔一名，心有不甘，时欲“发围”。此时林的外甥水牛从美国回来渡假，因帮助在酒吧邂逅的席梦思。因而令林、思及自己卷入一宗侵吞军火交易的罪行之中……
