在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克（克里斯·派恩Chris Pine 饰）为营救史波克（扎克瑞·昆图 Zachary Quinto 饰）采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价。不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰）正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议，柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋，柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途，他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。 当他们最终找到哈里森，才终于知晓他的真实身份，以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……
在两个孩子误打误撞进入制毒窝点被绑架后，特警老兵“枪手”(Gunner)需要深入毒枭帮派内部，在与犯罪分子和当地警方周旋下救下他的海紫。
一名外交官员在战区巡视时被捕并被监禁，因此组建了一支精英女性突击队潜入女子监狱进行大胆的营救。
缩骨谢是警方的线人，给警方提供过不少十分有价值的情报，某日，他在马来西亚离奇死于非命，黄维邦（李子雄 饰）是重案组的警探，以枪法精准著称，却因为患上了手疾而无法胜任工作，准备离职。缩骨谢和黄维邦曾经有过一段往事，前者是后者的救命恩人，缩骨谢死的蹊跷，令黄维邦决心接下此案，调查幕后真相。 联手督查翁振富（卢景华 饰）、警探金沙展（郭追 饰）、师兄伦国强（黄衍蒙 饰），一只精锐的专案小组成立了，众人将调查的重点放在了富商贺加年（翁世杰 饰）的身上，哪知道这只狡猾的老狐狸隐藏颇深，没有留下任何蛛丝马迹。与此同时，黄维邦发现，他们的一举一动都被某位神秘人物尽收眼底。
名不见经传的小刑警孙大圣（王千源 饰）出生入死在追查案件的第一线，在平凡无奇的一天，他突然听说与之有交情的汽车修理工赵勇强跳楼自杀了。赵勇强此前租住一处拆迁房，但拆迁房一夜被人强拆，他和儿子不仅被赶了出来，连预付的租金都打了水漂。在此之后，赵带着儿子找到地产开发商泰华集团总经理赵泰（包贝尔 饰），结果却遭受了殴打和羞辱。在此之后，孙大圣试图调查此事，却遭到泰华集团乃至警方内部的阻挠，而赵泰试图收买他的行为更激怒了耿直倔强的孙大圣。 专横跋扈的赵泰为了摆平这件事，不惜采用各种龌龊肮脏的手段，正邪之战正式拉开帷幕……
来自21世纪的项少龙（古天乐 饰）曾意外穿越，并助秦王（林峯 饰）一统天下，这段跨越时空的宿命纠缠将两人紧紧捆绑，两人也成为亦师亦友的情感羁绊。然而，在项少龙归隐田园多年后，未知穿越者却骤然降临，大国基业陷入倾覆危机，秦王不得不求助于早已不问世事的项少龙。面对足以颠覆历史的强敌，他们能否放下芥蒂联手抗敌？那段掺杂着师徒之恩、君臣之畏与知遇之情的情感，又将成为保护彼此的铠甲，还是刺向对方的利刃？
影片主要讲述了明成祖朱棣时期，设立秘密军情组织——九门，监察百官，掌控京城人心动向。时至明中期，兵部尚书私藏军饷意图谋反，作为京城最强的秘密刺客组织，九门再次受命调查案件。然而，此次案件盘根错节，事情远远超出众人的想象，就连九门内部的势力也深陷其中......
