赛菲罗斯的事件已经过去2年了,人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍,但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德,却过着与世隔绝的生活。 但是,神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法?洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时,眼前这个人,只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。 以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前,文森特不得不再次挥动双枪,保护大家。而世界的英雄,克劳德,能否再次振作,守护这个世界呢?
在尼比鲁星球探查期间,企业号舰长柯克(克里斯·派恩Chris Pine 饰)为营救史波克(扎克瑞·昆图 Zachary Quinto 饰)采取了胆大妄为的举动,几乎危及全舰队员的生命,他也为此付出代价。不久,柯克官复原职,而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森(本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰)正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议,柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋,柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途,他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。 当他们最终找到哈里森,才终于知晓他的真实身份,以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……
背景是80年代初,科拉尔金矿故事中的第一章,再现了以主人公为中心,领导的一场反对压迫者的战斗。