四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
故事开始于一座孤岛之上，在这里，居住着一群动物们，其中，十分勇敢对于新鲜事物有着无尽好奇心的鹦鹉麦克（大卫·霍华德·桑顿 David Howard Thornton 配音）对小岛外面的世界十分的向往，可是其他的动物们却并不这么想，小岛是他们的安乐窝，小岛以外对于他们来说就是致命的危险地带。 一天，一艘遇难的商船冲向了小岛，为小岛带来了他们唯一的一位人类客人鲁滨逊（马提亚斯·施维赫夫 Matthias Schweigh?fer 配音），鹦鹉最先跟鲁滨逊成为了朋友。起初，鲁滨逊因为和其他动物们无法沟通导致了双方产生了小小的误会，但很快，他们之间就产生了真挚的友谊。
又是一年圣诞节到来，邦妮在摆放着圣诞树的房间里和伙伴们玩耍，玩具们乐得和小主人玩耍，但是三角龙崔茜（克里斯汀·沙尔 Kristen Schaal 配音）似乎对自己不被当作恐龙看待多有不满。少顷，妈妈喊邦妮一起去梅森家过节，邦妮匆匆将伍迪、巴斯光年、雷克斯、崔茜以及新来的天使Kitty猫塞入包中后出发。到了梅森家，邦妮惊讶地发现这个男孩正沉湎于电子游戏中，稍作迟疑后，她便将书包丢到了梅森的玩具房。伍迪他们爬了出来，发现这里仿佛是失落了已久的玩具世界。未过多久，他们进入了一个全部由恐龙战士组成的王国。以恐龙将军（凯文·麦克基德 Kevin McKidd 配音）为首的战士们脑子里只有战斗和侵略，似乎忘记了作为玩具的使命。
巧虎因妈妈忙于照顾小花妹妹闹起了小脾气，在与小伙伴们排解心事时 偶遇来自绿森林王国的小发明家松鼠金金。 绿森林因长时间缺雨，居民生存环境面临威胁。金金向巧虎及小伙伴们发出邀 请，一同前往绿森林设计制作大飞船，采集云彩人工降雨。 巧虎和小伙伴们相互协作，凭借顽强的毅力及现场观众的加油鼓励下，克服了 种种困难最终取得成功。 经历冒险后成长的巧虎理解到了妈妈的不易，并对妈妈大声说出了自己的爱。
根据古典小说记载，世上有人有妖，妖会与人相恋，妖寿命千万年，人的寿命有限，人死了，妖活着。人会投胎转世，但投胎以后，不记得上辈子的爱。妖如果痴情的话，就去找狐妖“购买”一项服务，让投胎转世的人，回忆起前世的爱。
