影片主要讲述了明成祖朱棣时期，设立秘密军情组织——九门，监察百官，掌控京城人心动向。时至明中期，兵部尚书私藏军饷意图谋反，作为京城最强的秘密刺客组织，九门再次受命调查案件。然而，此次案件盘根错节，事情远远超出众人的想象，就连九门内部的势力也深陷其中......
“半妖”驱魔人常平安，为去除自身妖性前往快活城寻丹，受殷夫子蛊惑，错杀了善良且深爱自己的女妖小红癫，体内邪恶的妖魔元灵被唤醒，妖魔肆虐人间。最终，变成人的他选择吃下妖丹变成妖，携手众驱魔人收服妖魔。
摄政王多尔衮死了以后，顺治诛其党羽，巴布海也在其中。他思前想后，能够把妻子女儿性命相托的人，竟然只有王长清。本来在杨集村潜心造拳的王长清再次被扯进朝廷权力的斗争当中……
二十年前长孙家遭八大高手灭门，长孙盈、长孙卿带着家传武学从秘道逃脱后，追随拜火教主东方彬，分别化名孙盈、王太白，自此决心杀八大高手报仇。段小峰与王非烟继续查案，亲眼目睹蔡上将殒命，又接到了长春子的死讯。灰心丧气的段小峰回到京师偶遇假装被卖到沙洪帮的孙盈，将其带回叶家安置，当孙盈决定放弃杀叶无忌正准备离开时，却被叶无忌发现其真实身份。二人决战欲做了断，战后两败俱伤。身负重伤的叶无忌回家途中被王太白暗害。峨眉派逍遥子到六扇门奔丧，段小峰从其伤口发现，这正是那夜追杀他们的黑衣人。明白了一切的段小峰携王非烟前往拜火教总坛光明峰。正邪两派人马、以及两拨凶手齐聚，此案的真相以及二十年前的秘密被一一揭开。
