外表落魄邋遢的浪人武士三十郎（三船敏郎 饰）来到一个小镇，清兵卫（河津清三郎 饰）和新田丑寅（山茶花究 饰）两家恶霸在那里为争夺地盘，招兵买马经常争斗，弄得民不聊生。三十郎决定从中设计，引诱双方雇佣自己，再加入不同方造成两边拼斗，由此坐收渔利，消灭对方。 但随着丑寅弟弟卯之助（仲代达矢 饰）的加入，情况又发生了不同，他手里握有短枪，占得优势，清兵卫的势力被打败，三十郎甚至也受伤不轻。但是决战在所难免，椿三十郎独对丑寅、亥之吉等众人，身处劣势的他如何能剿灭对方呢？
在第一部《边境杀手》电影事件发生三年后，这部续集在德克萨斯州的美墨边境附近开幕。随着一名恐怖分子试图通过卡特尔贩毒集团从墨西哥偷渡到美国失败后自爆和之后在堪萨斯城发生的自杀式炸弹袭击，美墨边境的毒品战争升级，联邦特工马特·格拉弗（乔什·布洛林饰）与善变的亚历杭德罗（本尼西奥·德尔·托罗饰 ）重新开始了合作。
意外杀手重出江湖，这次他必须击败世界上最顶尖的杀手，保护黑手党老大的不孝子，拯救他唯一的朋友的生命，并与他的疯狂“父亲”重新建立起关系。
二十年前长孙家遭八大高手灭门，长孙盈、长孙卿带着家传武学从秘道逃脱后，追随拜火教主东方彬，分别化名孙盈、王太白，自此决心杀八大高手报仇。段小峰与王非烟继续查案，亲眼目睹蔡上将殒命，又接到了长春子的死讯。灰心丧气的段小峰回到京师偶遇假装被卖到沙洪帮的孙盈，将其带回叶家安置，当孙盈决定放弃杀叶无忌正准备离开时，却被叶无忌发现其真实身份。二人决战欲做了断，战后两败俱伤。身负重伤的叶无忌回家途中被王太白暗害。峨眉派逍遥子到六扇门奔丧，段小峰从其伤口发现，这正是那夜追杀他们的黑衣人。明白了一切的段小峰携王非烟前往拜火教总坛光明峰。正邪两派人马、以及两拨凶手齐聚，此案的真相以及二十年前的秘密被一一揭开。
结婚纪念日当天，CIA特工伊芙琳·绍特（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 饰）受命审讯一名投案自首的俄罗斯间谍。对方声称自80年代便潜入美国，并且透露有一名间谍大师曾训练数名儿童，将他们培养成间谍送入普通的美国家庭中，伺机刺杀美国总统。令在场所有特工震惊的是，这个俄国人竟指认绍特是这群孩子中的一员。 不顾CIA探员们的阻拦，绍特执意返回家中。经过一番惊险追逐，她暂时逃过昔日同伴的追捕。不久，俄罗斯总统访问美国，绍特再次卷入各种阴谋之中，而她的真实身份也变得愈加扑朔迷离……
