千百年前，神州大地遍布着天地灵气，而能够驱使灵气为己所用的便是驱魔师，他们的使命便是制止千年一现世的天魔为祸人间。然而汉代却发生了天地灵气一夜之间消失殆尽的惨剧，史称“万法归寂”，失去了力量的驱魔师们也逐渐退出了人们的视野。秦晋割据时期战火不断，枉死者的怨气成为了天魔复生的原料；为阻止它的阴谋，世间最后一位大驱魔师陈星带着寄宿在他三魂七魄中的宝物“心灯”踏上旅程，前往襄阳城寻找命中注定将与他共同携手驱魔的护法武神——项述。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
