尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
哈蒙德（理查德?阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）立志要建立一个非同寻常的公园：恐龙将是这个公园的主角。他把众多科学家收归旗下，利用琥珀里面困住的远古蚊子体内的血液，提取出恐龙的基因信息，利用这些信息培育繁殖恐龙。结果如愿以偿，他把怒布拉岛建立成了一个恐龙公园，坚信可以从中赚取大钱。然而，科学家们则忧心忡忡。 不幸的事情果然发生了。虽然公园有电脑系统管理，但却因为被员工破坏而造成了无法挽救的失控：所有的恐龙逃出了控制区，人们纷纷逃窜却逃不过恐龙的魔爪。恐龙自相残杀，人们亦死难无数，最后幸存者寥寥，只得四人逃出生天。怒布拉岛上空弥漫着恐怖的气息。
2010年秋，世卫组织官员小林荣子（檀丽 Rei Dan 饰）随队前往菲律宾扑灭禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自离开疫区……次年，东京都的某家市立医院，医生松冈刚（妻夫木聪 Satoshi Tsumabuki 饰）收治的一名高烧病人入院后情况急转直下，咳血而死，病人家属与部分医生亦因感染而病倒。同时，近郊一家养 鸡场内检测出禽流感病毒，场主神苍及女儿（池肋千鹤 Chizuru Ikewaki 饰）的平静生活被打破。小林荣子受命至此指导防疫，旧相识松冈担任其助手。疫情迅速扩散，一月之内病亡人数达到两千，各地出现恐慌，引发国际关注，政府迅速将疫区封锁。松冈偶然之下得知病毒源头可能另有所在，国外传回的检测结果支持了他的判断，松冈决定远赴国外查找病源。在空前的疫情中，松冈、小林以及神苍每个人都将面临自己选择的考验
效力于某知名搜索引擎公司的程序员加利·史密斯（多姆纳尔·格利森 Domhnall Gleeson 饰）幸运地抽中老板纳森（奥斯卡?伊萨克 Oscar Isaac 饰）所开出的大奖，他将受邀前往位于深山的别墅中和老板共度假期。在与世隔绝的别墅中，纳森亲切地接待了这位员工。 事实上他邀请加利到来还有另一个目的，那就是协助他完成其所开发的智能机器人的测试。天才一般的纳森研制了具有独立思考能力的智能机器人伊娃（艾丽西亚·维坎德 Alicia Vikander 饰），为了确认她是否具有独立思考的能力，他希望加利能为伊娃进行著名的“图灵测试”。似乎从第一眼开始，加利便为这台有着宛如人类般姣好容颜的机器人所吸引。 在随后的交流中，他所面对的似乎不是冷冰冰的机器，而更像是一个被无辜囚禁起来的可怜少女……
