尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
讲述了一直被称为丧命地狱的“百慕大三角”区域，多年前由于特殊的磁场和洋流环境使得一座“沉睡”白垩纪时期的海底岛屿露出水面。这些因素使这个岛屿与世隔绝多年，并一直未被人类探索发现。岛上大量保存着已经灭绝了6500多万年前的恐龙基因。日新月异，时代变更。云散雾开，神秘岛屿逐渐在人类科技不断的进步背景下露出手脚。某国际生物研究组织图谋不轨，利用岛上保存着完整的恐龙基因秘密研究并且成功复生多种恐龙。一场离奇的空难，导致一群幸存者被困于这座岛屿上， 在求生的过程中面对种种困难与坎坷，一边是生存在岛上的恐龙巨兽，一边是神秘生物基因组织为了掩盖自己在岛上的罪行派遣雇佣兵对这群幸存者赶尽杀绝。以及幸存者中的分歧矛盾，人性的正与邪，善与恶导致他们结局各不相同。揭示了最可怕的并不是残暴的史前“巨兽”，而是人性的百态。影片的另一个角度也表达了人与自然是完全可以和谐共处的，只是一些利欲熏心的歹人，为了一点蝇头小利，不惜做出伤害大自然的事，结果自然也会遭到大自然的报复。
