时间已经过去了七年，外星怪兽已经冲破了禁区封锁，拓展到世界各地。人类不再处于地球食物链的顶端，不得不为生存而挣扎。为了保护美国的利益，很多士兵被派往了国外与外星怪兽作战，但取得这场战争的胜利希望渺茫。 诺亚是一名老兵，他新接到一项命令：深入怪兽的核心区去解救一名困在那里的美国大兵，然而这项任务遭遇意外，诺亚的通讯和运输都被切断，队友只剩下一个刚刚从军校毕业、毫无实战经验的小鬼——并且他的兄弟还是诺亚...
一个夜晚，一名孕妇正在妇产科的手术室里生产，忽然，天空中出现了一个放着奇异光辉的不明飞行物。飞行物一闪而过，手术室里的灯暗了一下，一个可爱的小生灵咕咕坠地了，那就是贝贝（张京 饰）。贝贝生来就和常人不一样，因为他的双手竟然带电和能随意操控电器！为了怕发生意外，贝贝的双手总是戴着手套，总是被大人关在家里。贝贝慢慢长大了，终于到了上学的年龄。学校里、生活中，贝贝带电的双手和他的超能力既带给了他很多欢乐，亦为他带来了不少烦恼……
越战后，美国政府进行了一项绝密的科学计划。科学家们将越战中牺牲的士兵的尸体冰冻起来，植入电脑芯片，输入战争程序，讲他们改造成为新一代的战争机器人――“宇宙战士”，这些机器人没有情感和以前的记忆，只有冰冷的杀戮武器。士兵卢克（尚格•云顿 Jean-Claude Van Damme 饰）和班长安德鲁（杜夫•朗格 Dolph Lundgren 饰）就是其中两员，他们被派往参加一场新的战争。战争中，两人的芯片突然出错，令两人都恢复了以前的记忆。卢克记起越战当年正是安德鲁突然性情大变将属下和俘虏都杀光，误闯美军基地的女记者罗伯斯（艾丽•沃克 Ally Walker 饰）意外获悉了美军这一秘密。本来罗伯斯难逃一死，关键时刻卢克救走了她。于是，美军派出所有的宇宙战士开始追杀二人
2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时…
