影片聚焦“无声末世”第一天,人类尚未掌握“出声即死”的法则,在怪物面前不堪一击。数以千计的怪物从天而降,怪物数量达到系列之最,视角也从前作的乡村小镇升级到美国第一大都市——纽约,全球沦陷,人类生活的街道、地铁、超市等地都变得危机四伏,一旦出声便会被潜藏的怪物“贴脸开大”,喧嚣的纽约沦陷为一座沉默的孤城,苟活的人类在此上演一场极限大逃亡。
本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景,将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时,舰长皮卡特接到密电,称博格人已联合其他星系的力量,准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化,星际舰队对其不很信任,故没有派其出战。皮卡特不顾命令,仍然参与战斗,之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪,以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。
星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战,经济及生态环境破坏殆尽,一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和,中途却遭到阴谋份子暗杀,并且嫁祸企业号……