影片主要讲述了明成祖朱棣时期，设立秘密军情组织——九门，监察百官，掌控京城人心动向。时至明中期，兵部尚书私藏军饷意图谋反，作为京城最强的秘密刺客组织，九门再次受命调查案件。然而，此次案件盘根错节，事情远远超出众人的想象，就连九门内部的势力也深陷其中......
外表落魄邋遢的浪人武士三十郎（三船敏郎 饰）来到一个小镇，清兵卫（河津清三郎 饰）和新田丑寅（山茶花究 饰）两家恶霸在那里为争夺地盘，招兵买马经常争斗，弄得民不聊生。三十郎决定从中设计，引诱双方雇佣自己，再加入不同方造成两边拼斗，由此坐收渔利，消灭对方。 但随着丑寅弟弟卯之助（仲代达矢 饰）的加入，情况又发生了不同，他手里握有短枪，占得优势，清兵卫的势力被打败，三十郎甚至也受伤不轻。但是决战在所难免，椿三十郎独对丑寅、亥之吉等众人，身处劣势的他如何能剿灭对方呢？
在第一部《边境杀手》电影事件发生三年后，这部续集在德克萨斯州的美墨边境附近开幕。随着一名恐怖分子试图通过卡特尔贩毒集团从墨西哥偷渡到美国失败后自爆和之后在堪萨斯城发生的自杀式炸弹袭击，美墨边境的毒品战争升级，联邦特工马特·格拉弗（乔什·布洛林饰）与善变的亚历杭德罗（本尼西奥·德尔·托罗饰 ）重新开始了合作。
于少楠是女特警中队长，队友各个身怀绝技，她们接上级命令护送归国华侨刘女士，路上遭到伏击。一番激战，刘女士被转移到安全地点，而队友蔡小布被悍匪掠走。警方很快锁定袭击者的身份就是煊赫门和鬼鸟，二人此次企图绑架刘女士，抢夺核心科技。在警方的努力下，蔡小布被救出，但刘女士私自外出被人劫走。女子特警队员们重新集结，开展最后的收网行动。经过一番苦战，她们抓捕了煊赫门等人，刘女士安全获救，营救行动圆满结束。
