在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。 那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市【封印都市】。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的 解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。
故事开始于一座孤岛之上，在这里，居住着一群动物们，其中，十分勇敢对于新鲜事物有着无尽好奇心的鹦鹉麦克（大卫·霍华德·桑顿 David Howard Thornton 配音）对小岛外面的世界十分的向往，可是其他的动物们却并不这么想，小岛是他们的安乐窝，小岛以外对于他们来说就是致命的危险地带。 一天，一艘遇难的商船冲向了小岛，为小岛带来了他们唯一的一位人类客人鲁滨逊（马提亚斯·施维赫夫 Matthias Schweigh?fer 配音），鹦鹉最先跟鲁滨逊成为了朋友。起初，鲁滨逊因为和其他动物们无法沟通导致了双方产生了小小的误会，但很快，他们之间就产生了真挚的友谊。
