在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
炼体老祖叶苍玄以肉身之力无敌当世，轻松渡劫飞升神界，却因见到九玄大陆灭亡命数，遂决定重返九玄。彼时六大宗门分崩离析，外域邪魔蛰伏待发，于暗处搅动风云。而叶苍玄的逆天改命之途也由此开始，统六宗、闯蛮州、入仙魔、诛邪魔、逆神界，最后与天争雄！
三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
原本在东关开店打工的普通青年陆左，因为一次回老家省亲，意外从外婆那里获得了强大的金蚕之力，但围绕金蚕出现的阴谋与争夺纷至沓来，被卷入道法江湖纷争之中的陆左该如何应对。
稳中求进，缔造美好山寨。
为了变强在之后的族比中击败林琅天，林动、小貂和小炎一同踏上修行之路，一路上惊险不断。在小貂的指引下，林动最终来到大荒古碑，成功获得了吞噬祖符的线索，并且在林琅天和众多强者的角逐下成功获得造化武学，大荒囚天指！
