《Kizuna no Allele》叙述如陨星般在网络世界中出场，知名度疯涨的超级偶像「绊爱」，连续五年得到「Virtual Grid Award」较大殊荣「金兔奖」后忽然大众的视野里消退。 随着时间的推移，美少女「Miracle」怀抱着对绊爱的向往而来到塑造虚似专业人才「Aden 学院」，和同伴们一起向着理想前行，渡过归属于他们的学院岁月。
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
本作以星际旅行的科幻背景，讲述能够使用「以太齿轮」操纵重力的少年「四季」、没什么人气的实况主「蕾贝卡」，以及机械蓝猫「哈比」。他们将乘坐战列舰「EDNES ZERO」四处冒险，寻找能够实现一切愿望的神秘生命体「MOTHER」。
“我的梦想，在现实这里也会闪耀！” 故事的舞台是近未来。 随着高速网络通信及VR技术的革新，在家中体验现实旅行以及现场演出逐渐变得一般化。 偶像活动也改编了其展现方式，借助网络展开的VR空间成为了活动的起点。 对偶像的需求在全世界日益增加，世界各地都设立了以偶像育成为目的的学校。 这所学园也是其中之一，它位于存在在不属于任何国家的公海上的、由天然岛与人工岛连结而构成的起始之岛上。 曾在过去培育出众多活跃于世界的偶像的这所学园，那份过去的荣耀也在最近陷入了无法进入排名前列的低迷状态。 在这所学园内，来自世界各国、个性丰富的偶像种子，在苦乐并存的切磋琢磨当中，以偶像联盟的顶点为目标不断成长的青春物语。
