继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
公元1664年（崇祯十七年）三月十八，闯王李自成率领大顺军攻克北京推翻明王朝，明崇祯帝煤山上吊，留下惠妃和公主。被阉割后拥有超能力的明朝太监大宝负责照顾两个女孩，开始了寻找大宝的“宝贝”之旅。三人一路艰辛曲折，最终战胜恶敌，大宝找回自己的“宝贝”，变回了男人，并和惠妃得有一子，取名“小宝”。
3位年轻的天文学生的冒险经历，他们在致命的火星人入侵中求生，一路遇到疯狂的牧师和无畏的士兵。
