一项革命性的人类基因研究计划，为预防疾病与犯罪带来了莫大帮助，身为研究员的一份子，希欧多不但致力于生命的发展与延续，还有个能预知他人死亡的特殊能力。不过这次他的能力却阴错阳差害死了自己的女友安娜，内疚不已的希欧多以悲伤度日，直到一个月过去，安娜竟又活生生地出现在他面前？
圣诞节，米格兰一家发现全家已被神秘的金属物质包围，但究竟是什么，工业事故？恐怖袭击？核战争？在电视机上出现了“进一步的指示”，他们按照电视机的指示，展开了血腥的屠杀…
小男孩尼克（胡里奥·博希加斯 Julio Bohigas-Couto 饰）在一个风雨交加的夜晚目睹了邻居安吉尔（哈维尔·古铁雷斯 Javier Gutiérrez 饰）杀害自己妻子的场面。在和安吉尔的追逐之中，一辆车将尼克撞倒，导致了他的死亡。一晃眼多年过去，薇拉（阿德丽安娜·尤加特 Adriana Ugarte 饰）和丈夫大卫（阿尔瓦罗·莫奇 álvaro Morte 饰）带着他们的女儿住进了尼克曾经居住过的房子。 有一个电闪雷鸣的夜晚，薇拉意外的在电视里看到了尼克，让薇拉感到震惊的是，自己似乎能够通过电视和25年前的尼克对话。在薇拉的告诫之下，尼克免于一死，但过去的改变也牵连着薇拉的生活发生了巨变。大卫不再是薇拉的丈夫，而他们的女儿自然也不复存在。
尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
