据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
故事的舞台设定在未来的日本，为了解决少子化的问题，政府禁止了自由恋爱，改为由政府全面接管的状态。每一个青少年长到16岁，便会由政府分配一名伴侣作为恋爱的对象，这是经过了精密的计算所匹配出的最佳人选。根岛由佳吏（逢坂良太 配音）是一名十五岁的少年，无论是性格还是样貌都非常普通的他内心隐藏了一个秘密，那就是他从小学期就默默的喜欢着名叫高崎美咲（花泽香菜 配音）的少女，然而，这份爱恋在这个扭曲的社会里却是违法的。 真田莉莉奈（牧野由衣 配音）是政府分配给根岛由佳吏的完美女友，然而，当她得知了根岛和美咲之间的感情后，决定帮他们隐瞒秘密，全力的支持这份美好而又纯洁的恋情。
本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。 原来千反田失踪已久的舅舅就是当年古典部的部长，于是四人开始着手调查四十五年前古典部的神秘事件，而最大的线索就是当年的社刊“冰果”。冰果里隐藏了什么样的秘密，当年的部长为什么要退学…… 本动画改编自日本推理作家米泽穗信的古典部系列小说。
