在德国一座中世纪大学城的植物园中，一棵古老的银杏树静静矗立，见证着三个时代中人与自然之间的深层联结。1908年，大学首位女性学生透过摄影镜头，在植物的微观结构中发现宇宙的神圣秩序；1972年，一位沉默的青年在观察天竺葵的过程中，悄然改变了对世界的感知；2020年，一位来自香港的神经科学家在研究婴儿意识的同时，与这棵树展开一场意想不到的实验。
影片用细腻的笔触描绘了11岁少女在1987年的夏天发生的故事，忙于工作的母亲，生病住院的父亲。处在孩子和大人之间淡淡的分界线上飘荡的少女，一边窥视着大人的世界，一边感受到人们内心的痛苦。对死亡的好奇心和恐惧，活着是无可奈何的寂寞，渴求被人温暖。高兴、 开心、寂寞、恐惧、哀伤，从少女的视角浮现出各种各样的情感的闪光。
新婚后的记者夏因搬进丈夫家里，因工作或心理不适一直无法整理婚前物品；同事自杀事件对她心理和工作都带来影响，夏因关注的问题不能公开发表，丈夫自行处置夏因的物品，对她的处事方式表示不满，家庭和工作的双重挫折，促使夏因以一个采访任务为由下乡。在农村夏因遇到一个和奶奶相依为命的小女孩小树，小树灵性的而不经意的催眠，让夏因窥见了自己内心深处的黑洞，这次下乡的奇遇让她重新审视自己的处境。
五十岁的装潢建筑公司老板国庆最近有点心烦，妻子安心悄无声息地独自去了岔口村徒步，并要求国庆也去，但这个地方一直是国庆的一个心结，去与不去，让他犹豫不决。国庆与安心是大学同学，毕业结婚时两人约定要在岔口村山村支教，做一对浪漫爱人。但国庆爽约回到城里进入国企工作，安心也只能告别岔口村。之后国庆被迫辞职下海。在商海打拼中，国庆由当年委曲求全的小伙子变成了对下属严格苛刻的老总，并患上了抑郁症，夫妻俩的关系也渐行渐远。庆祝从小就把爸爸国庆当成自己的榜样，并将父母当年誓言要去的岔口村当成了自己心中的圣地，一年前，庆祝独自一人去岔口村徒步，因为救人而意外去世。纪毅是庆祝资助过的一名山区孩子，纪毅年轻气盛，性格耿直，做事积极，但因为急于求成，常常会犯错。国庆在看完庆祝写的推荐信后，留下纪毅当了助理。为了挽回妻子、同时弥补对儿子的亏欠，国庆与纪毅踏上了岔口村的徒步之旅。
当红小说家维瑞蒂（安妮·海瑟薇 饰）因故无法写作，落魄作家洛温（达科塔·约翰逊 饰）接受了为她代笔的工作。然而在整理资料时，洛温发现了一份深藏秘密的自传手稿，记录着维瑞蒂丈夫杰里米（乔什·哈奈特 饰）那些扭曲骇人的“告白”。洛温自此陷入爱情、谎言与欲望的拉扯中，难分现实与虚构世界，她该如何看清真相？ 影片改编自柯琳·胡佛的同名畅销小说。
