在近未来的东海市，一种名为“心理病毒”的幽灵在数字世界蔓延。神秘组织利用直播频率、连麦暗示及直播设备后门，精准猎杀患有表演型人格障碍的网红群体，令其在梦境迷宫中精神崩溃，同时对外扩散心理病毒。富二代催眠师林默，表面玩世不恭，实则拥有顶尖的暗示操控能力；心理学家苏暖，擅长微表情读心与侧写，是冷静自立的“好学生”代表。两人搭档AI机器人阿蒙，组成“心理特种部队”，潜入受害者梦境进行极限营救。
2019年11月，刀锋跑者霍顿（Morgan Paull 饰）在泰瑞尔公司对新员工进行沃伊特-坎普夫测试时，被技师里昂·科瓦尔斯基（Brion James 饰）枪击。警监布莱恩特（M. Emmet Walsh 饰）不得不命老牌刀锋跑者戴克（Harrison Ford 饰）出马，猎杀复制人里昂、罗伊·巴蒂（Rutger Hauer 饰）、佐拉（Joanna Cassidy 饰）、普里斯（Daryl Hannah 饰）。戴克来到泰瑞尔公司调查，在艾登·泰瑞尔博士（Joe Turkel 饰）的请求下，对员工瑞秋（Sean Young 饰）进行了测试。百余问题之后，戴克判断瑞秋为复制人。而瑞秋本人对此真相竟一无所知……
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
由于环境严重的污染，使得蝌蚪受到突变而成为黑多拉，并且造成极大的破坏，人类几乎束手无策，而哥吉拉也费尽了极大的心思跟他战斗，最后人类与哥斯拉一同战胜了黑多拉。
