2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。 7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。 被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。 契约之时，希望被托付给了他们——
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
小镇上的商店街开了一家女仆咖啡厅“SEASIDE”，但跟时下流行的女仆咖啡厅不同的是，这家咖啡厅的店长是个对女仆文化一窍不通的老太婆，她仅仅是抱着“听说女仆咖啡厅很赚钱”的想法，让员工换上女仆装，将原本普通的咖啡厅改造成女仆咖啡厅。 在尾谷高中上学的岚山步鸟（小见川千明 配音），是SEASIDE的女仆一号。她的同班同学辰野俊子（悠木碧 配音）因为对常来店里的真田广章怀有好感，于是也成为咖啡厅的女仆二号。因为学校规定学生不能私自打工，她们的班主任森秋夏彦，来到店里阻止她们打工，最后却不了了之，反而成为咖啡厅常客之一。之后的某一天，步鸟在街上偶遇了学姐绀双叶，二人成为朋友。《女仆咖啡厅》就是以步鸟所在的小镇为背景，围绕着她和她身边的朋友而展开，在这家看起来有点寒酸的女仆咖啡厅里，发生了很多轻松搞笑的小故事……
