神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
九州大陆，仙道昌盛，世人皆以拜入仙门为荣。然而界壁裂缝突现，有异界魔族开始偷偷潜入九州仙门。异界魔族潜入各大仙门后，试图逐渐执掌仙门权柄，企图颠覆九州大陆。剑仙牧勋携同道好友阻拦魔族入侵，却不幸中了魔族陷阱，被误以为是仙门叛徒。牧勋为寻找时机，找寻魔族潜伏的线索，决定隐其踪迹不再示人，并将其独子东方灏交由妻子之氏族抚养照顾。身负帝族血脉却灵根不显的东方灏，一直被同族视作庸人，备受欺凌；本是剑仙之后，却因其父被魔族陷害而命途坎坷的他，在危机时刻，毅然凭借不懈努力化险为夷，一步步走向证道成仙之路。太初秘境，昭武王都，东方灏义气挺身，多次救友人于危难之中。同时，东方灏也从未忘记去寻找失踪的父亲。驯蛟龙，争仙魄，修为不断提升的他立志找回父亲，并重新凝聚各大仙门，将魔族赶出九州大陆。
林越穿越到了鸿蒙大陆，却又被困在同一天整整十万年。无论他如何挣扎，天亮后都会回到昨天。十万年间，林越学会了所有的知识，了解无数宗门强者的秘密，也渐渐认命自己逃不出轮回了。然而，就在十万年的最后一天，林越夺走七业魔皇的未婚妻，砍断太上长老之子的手臂，闯下大祸之后，却发现新的一天为他打开了
孤儿少年洛云身世迷离，成年之际意外被拉入“东海龙宫聊天群”，从群里仙友那换得修炼秘籍之后修为大涨，自此化身“洛渊上仙”开始了往返人仙两界的修仙之旅。洛云靠着微信群里仙友的信息差和机智的谋划，辣条换仙丹、可乐换灵宝，不断提升自己，在现实世界中锄强扶弱，伸张正义。随着霸王海鲜公司在两界一路崛起，洛云却因身世之谜被卷入桃花源与乱星海的旷世纷争……
来到玄幻世界，化身终极大反派，恶人谷掌门兼无数恶人的大师兄柳乘风了该怎么办！在线等，挺急的。看着自己的善人系统，身为新世纪好青年的柳乘风坚定地一步步完成系统任务获得奖励，同时用高大上的三观改变自己的师弟师妹们，扭转宗门风评，成为玄辉大陆最正义光明的第一宗！
李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
架空的科学修真世界，所有人都享受着修真带来的便利。同时，另一个空间里，灵力日益贫瘠的妖界正对生机勃勃的人界虎视眈眈。
