上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。
　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来

　西西莉亚（伊丽莎白·莫斯 Elisabeth Moss 饰）再也想不到，曾经将自己迷得神魂颠倒的英俊男人阿德里安（奥利弗·杰森-科恩 Oliver Jackson-Cohen 饰），如今会成为噩梦的始作俑者。在和自己恋爱后没多久，阿德里安便开始对西西莉亚进行精神和肉体上的双重控制，终于，忍无可忍的西西莉亚在一天深夜用安定将阿德里安迷晕，成功的逃出了魔窟。
　　之后，西西莉亚震惊的收到了阿德里安自杀的消息了，她几乎不敢相信，这个魔头真的从自己的生活中彻彻底底的消失了。西西莉亚的疑虑并不是空穴来风，在她生活的角角落落中，似乎都有一个无形的影子在窥视着她，企图触碰她。

　迈克（杰西·艾森伯格 Jesse Eisenberg 饰）是一名彻彻底底的宅男，长这么大，他一步都不曾踏出过他生活的小镇之外。平日里，迈克在超市当收银员，闲暇时光中，他喜欢画漫画，然而麦克甚至自己所创造的角色和故事永远都不会有被大众知晓的那一天。菲比（克里斯汀·斯图尔特 Kristen Stewart 饰）是迈克的女友，迈克最大的心愿，就是能够克服内心的恐惧，带菲比去夏威夷度假。
　　让迈克怎么也想不明白的是，如此平凡的自己的身边，为何会忽然出现一波又一波想要夺走自己性命的变种人特工。然而，当事态的恶化牵连到了整个小镇以及菲比的安全之时，隐藏在迈克体内的力量爆发，他摇身一变，成为了凶残无情的杀人机器。

不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。
　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　JR（布兰顿·思怀兹 Brenton Thwaites 饰）是一个整日里游手好闲，不务正业的小混混，因为偷窃，他被抓进了监狱，该监狱位于澳大利亚西部，是当地臭名昭著的恶棍聚集地。在监狱里，JR的人生走向了他未曾设想过的道路，遭到了其他囚犯狂风暴雨般的摧残和虐待，直到大佬林奇（伊万·麦克格雷格 Ewan McGregor 饰）实在是看不下去，挺身而出，将JR收为了自己手下，JR悲惨的日子才画上了句点。
　　在聪明伶俐的JR的帮助之下，林奇越狱成功，在此过程中，两人之间建立起了真挚的感情，犹如父子。他们和东欧犯罪头目诺克斯（杰克·科曼 Jacek Koman 饰）合作，赚得盆满钵满，与此同时，JR还邂逅了名叫塔莎（艾丽西亚·维坎德 Alicia Vikander 饰）的女孩