故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。 但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。 同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS“高达”及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。 接着，世界迎向了新时代。
这是一个由女神赋予的职业和技能决定人生的世界。作为剑姬与魔导王之子出生的主人公阿雷尔，在众人期待他会获得何种职业时，却被烙上了“无职”的印记。周围人们的失望与同情。然而，阿雷尔通过不懈努力，逐渐获得了新的力量。最终，这些力量甚至超越了他天赋的技能。这是一个没有技能的“无职”者通过不懈努力成为“英雄”，并不断追求更强力量的故事。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
