随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
故事发生在一间私立学园之中，长濑准一（羽多野涉 配音）是一个平凡的男生，一直以来，他都和妹妹凑（平野绫 配音）一起过着波澜不惊的平静生活。一次偶然中，准一遇见了一伙不良少年正在欺负一名陌生少女，看不下去的准一挺身而出救下了少女，却被不良少年道出了自己想要隐瞒的灰暗过去。 让准一没有想到的是，被他所救的少女竟然在隔天成为了班上新来的转校生，她的名字叫片桐优姬（钉宫理惠 配音），更让准一吃惊的是，本以为对自己不抱什么好感的优姬居然自称是准一的未婚妻。就这样，在准一、凑和优姬之间，充满了波折与意外的三角恋情就此产生。
“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。” 平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡。” 由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。
