在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
芹沼花依（小林优 配音）是一个胖胖的平凡二次元女孩，精通耽美文化，喜欢意淫身边的帅哥。因为身材的原因，花依在班级中总是容易被忽视的那一个，可只喜欢二次元角色的花依对此并不在意，对“恋爱”也没有任何幻想。在喜欢的动画角色死掉后，心碎的花依日渐消瘦，竟然在误打误撞之中抵达了颜值的巅峰，并因此被卷入了复杂的感情漩涡之中。 运动万能的腹黑帅哥五十岚祐辅（小野友树 配音）、开朗率真喜欢孩子的七岛希（河本启佑 配音）、外冷内热沉默寡言的四之宫隼人（松冈祯丞 配音）、温柔呆萌恐惧密闭空间的六见游马（岛崎信长 配音），当这些英俊帅气的男孩子们渐渐被花依吸引之时，花依会做出怎样的选择呢？
