西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
本田透是一个天真、善良、迷糊的高中女生，从小与妈妈相依为命。但一场车祸夺去了妈妈的生命，让小透成了一个孤儿，她带着全部家当搬到山林里，过起了林间独居的帐篷生活。在命运的安排下，小透无意中走进了一个古老大宅，邂逅了奇怪的男子草摩紫吴。原来他是草摩由希的表哥，而由希又是学校里一致公认的王子，这间大宅正是由希的住所。当天晚上林间土石塌方，小透所住的帐篷被土石掩埋，幸好由希和紫吴将她及时救出，让她暂时住进他们的大宅里。 草摩家族几百年的秘密被小透发现，由希、紫吴等人只要被异性拥抱，就会立刻变身为十二生肖中的对应生肖。另一个神秘的少年阿夹，不仅变身为猫而且还隐藏着这个家族中更大的秘密。草摩家族的当家人发令，必须消除知道真相的小透的记忆。而小透一句“就算我的记忆消除了，请你还是继续和我做朋友”感动了由希、阿夹等人，她更像一缕温暖的阳光，照亮了阴雾重重的草摩家族。...
一位吸血鬼贵族卡迪斯·艾特拉马·迪·莱杰罗在沉睡了八百年后，被一个叫UNION的组织用某种手段，让他苏醒了过来。 时隔多年来到现代人类社会的他，第一次过上了向往的平凡的生活，然而麻烦接踵而至，于是他不得不和找他算账的人进行战斗。 最终结局以莱与穆札卡死亡后因不明原因复活告结。
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》，从冰里长眠3000年，热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言，「带上这个时代最会玩的人！」，而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒，两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。 天才游戏少年、前神明少女与伙伴们就此展开和至高神明的终极脑力大战！
