影片延续前作剧情，故事从“小丑”亚瑟（华金·菲尼克斯 饰）被捕后展开，他在狱中等待着审判日的到来。然而，就在亚瑟与自己的双重人格缠斗之时，他不仅偶遇真爱，甚至还释放出一直潜藏在内心的旋律。
香港警察李忠志（古天乐 饰）得知女儿芝（陈汉娜 饰）于泰国旅游间莫名失踪，即亲赴泰国报警求助。负责案件的华人探员崔杰（吴樾 饰），应允让他一同调查，却想不到李忠志利用媒体呼吁市民提供线索。 一条意外拍下芝被捉走的片段上载至警方网站，却被神秘删除。崔杰即连同好友兼同袍Tak（托尼·贾 饰）同赴寻找片主，却遇神秘人马截足灭证，狭路相逢，展开追截并与之搏斗。李忠志与崔杰两人逐步调查，却发现案中有案，并开始意识凶手背后神秘势力非他们能对付……
陨石撞击地球引发海底火山喷发，江边小镇随时有被海水倒灌的风险，人们纷纷逃离。念念在临行前一天，决定跟儿时好友告别，却意外跟小镇上的人们相遇，这座城市在记忆里的样子渐渐清晰起来。
物理学家汤川学(福山雅治饰)从美国回到日本，女警内海薰(柴崎幸饰)向他寻求帮助。镇上一个很受欢迎的女孩突然失踪，几年后她的尸体被发现，汤川的同学、高级警探草薙顺平(北村一辉饰)逮捕了一名男性嫌疑人，但该名嫌疑人因警方缺乏证据而被释放。当这个男人回小镇里时，他又出现在了女孩家人面前，向他们挑衅。仇恨的气氛笼罩着整个小镇。 然而，就在秋季节日巡游当天，这个人死了，镇上每个人都有杀人动机，但也有不在场证明。汤川、内海和草薙着手破解这道难题。
年仅十岁的富绅小少爷“大丈夫”（郝勇 饰）生性顽皮，不服管教。为使其收心敛性，父母替他娶了一个二十多岁的媳妇（张小燕 饰）。媳妇武艺高强，管教甚严，这可苦坏了散漫惯的大丈夫，遂找准机会，逃离家门。 时逢清朝末年，国家动荡不安，朝廷腐败，烽烟四起。天地会以“反清复明”为宗旨，带领起义民众反抗清朝的高压统治。后因内奸告密，总舵遭到突袭，兄弟死伤无数。总舵主之子在黄婆婆的护送下藏匿江边小城。大丈夫偶然机会救下黄婆婆，从此立志加入天地会，永不回家。谁想朝廷派出大内高手，一路追杀天地会遗孤，黄婆婆更被高手所害。失去庇护的孩子们手足无措，命运多舛……
