在第一部《边境杀手》电影事件发生三年后，这部续集在德克萨斯州的美墨边境附近开幕。随着一名恐怖分子试图通过卡特尔贩毒集团从墨西哥偷渡到美国失败后自爆和之后在堪萨斯城发生的自杀式炸弹袭击，美墨边境的毒品战争升级，联邦特工马特·格拉弗（乔什·布洛林饰）与善变的亚历杭德罗（本尼西奥·德尔·托罗饰 ）重新开始了合作。
一位罗波那后裔因其唯一的摩托车被一位“现代罗波那”夺走用于选举集会，而被卷入冲突。这场起初微不足道的不公，很快便升级为一场为了自尊与尊严而战的激烈斗争。
二十年前长孙家遭八大高手灭门，长孙盈、长孙卿带着家传武学从秘道逃脱后，追随拜火教主东方彬，分别化名孙盈、王太白，自此决心杀八大高手报仇。段小峰与王非烟继续查案，亲眼目睹蔡上将殒命，又接到了长春子的死讯。灰心丧气的段小峰回到京师偶遇假装被卖到沙洪帮的孙盈，将其带回叶家安置，当孙盈决定放弃杀叶无忌正准备离开时，却被叶无忌发现其真实身份。二人决战欲做了断，战后两败俱伤。身负重伤的叶无忌回家途中被王太白暗害。峨眉派逍遥子到六扇门奔丧，段小峰从其伤口发现，这正是那夜追杀他们的黑衣人。明白了一切的段小峰携王非烟前往拜火教总坛光明峰。正邪两派人马、以及两拨凶手齐聚，此案的真相以及二十年前的秘密被一一揭开。
于少楠是女特警中队长，队友各个身怀绝技，她们接上级命令护送归国华侨刘女士，路上遭到伏击。一番激战，刘女士被转移到安全地点，而队友蔡小布被悍匪掠走。警方很快锁定袭击者的身份就是煊赫门和鬼鸟，二人此次企图绑架刘女士，抢夺核心科技。在警方的努力下，蔡小布被救出，但刘女士私自外出被人劫走。女子特警队员们重新集结，开展最后的收网行动。经过一番苦战，她们抓捕了煊赫门等人，刘女士安全获救，营救行动圆满结束。
