邪恶博士使用了一种时间机器来到的1969年，在这里他偷走了奥斯汀的毛九(MOJO)——奥斯汀的力量之源，使其威力尽失。幸运的是，英国智力机构发明了一种更先进的时光机器，奥斯汀告别1999年的美好物质生活，回到他生龙活虎的时代，追回他的MOJO。 同时邪恶博士酝酿了一个毁灭世界的邪恶计划：在月球上按照炮弹进而毁灭地球。奥斯汀一定要在1969年阻止邪恶博士的计划，不然，他将失去1999年所拥有的美女与吃喝玩乐。不正经的特工再次出动，只是为了自己，顺便拯救一下世界。
一代著名特工凌凌漆（周星驰 饰）长期被上级弃用，沦为卖肉摊主。一具价值连城的恐龙骨架被一个浑身盔甲的金枪客盗去，因为线索少任务危险，凌凌漆又被高层领导委以重任。 凌凌漆依循线索来到香港，与联络人香琴（袁咏仪 饰）碰头，不想香琴处心积虑找机会要将凌凌漆杀死，原来她的另一身份是金枪客派来的杀手，但经历过出生入死的战斗后，香琴与凌凌漆渐生出了真情。而此时，金枪客的真实身份也被曝光，发现自己掉进某个阴谋里的凌凌漆开始奋力与敌手较量。
隐居深山老林的蒲松龄（成龙 饰）不仅是一名文采飞扬的文学家，更是一个身怀绝技的捉妖高手。在某次珠宝盗窃案中，蒲松龄和金华县菜鸟捕快严飞（林柏宏 饰）结识。在此之后，被衙门提出来的严飞找上山来，死乞白赖要拜蒲松龄为师。适值此时，金华县初县令（潘长江 饰）的独女被女妖聂小倩（钟楚曦 饰）摄走，中途虽有法师宁采臣（阮经天 饰）阻拦，但是小姐却下落不明。得知此讯，蒲松龄带着严飞和一众早已收伏的小妖下山捉妖，结果遭遇小倩的姐姐镜妖（林鹏 饰）阻挠。 一番混战过后，虽然镜妖被除，但是宁采臣和聂小倩之间仍有一段宿缘未了……
青年段志高来到小桥车站学习锻炼。小桥站全体员工在站长“老解决”的带领下辛勤工作，并和附近公社亲如一家。但是，段志高热情有余、经验不足，常好心办坏事。这让即将退休的老站务员“老怀表”看不过去。站长“老解决”生产队妇女队长胖大嫂有心相爱，但却不好意思主动表白。扳道员“小发明”和在生产队的姐姐铁英暗地筹划利用河水建立一个小发电站，段志高积极参与计划。生产队在清理仓库时发现了一个废弃的发电机，老站长与胖队长商谈此事。“秦广播”误听了老站长的梦话后安排老站长与胖队长会面，两人虽然话不对题，却终于明白了对方的心意。小发电站发现成功，“老解决”和胖队长终成眷属，双喜临门，大家欢呼庆祝。“老怀表”看到年轻人的力量，觉得可以放心从岗位上退下了。
本影片由湖南卫视著名节目主持人李锐携手小演员倾情演绎，把《变形计》以喜剧电影的形式展现在观众面前。在电影中以城市父母做生意没有时间管教自己的孩子，而这些富家子弟在学校不听管教在学校因为老师上课说了两句就雇社会人员把老师车轱辘卸了，老师找到了家长，下乡在农村体验生活为故事主线，在农村孩子们把村里闹的天翻地覆，闹出一出出让人啼笑皆非的故事。
