メジャーリーガーの父（吾郎）を持つ、主人公・茂野大吾と親友の佐藤光、佐倉睦子たちの友情を描いた前作（第１シリーズ）から２年―。小学６年生だった大吾や睦子は、中学２年生の春を迎えていた。姉・いずみも通っていた私立風林中の野球部に進んだ大吾たち。ところが、先輩の多くが抜け、残されたメンバーは個性的な女子ばかり。そこにクセの強い新入生たちもやってきて…。山あり谷ありの中学野球部ライフが幕を開ける！？
故事讲述了人们从出生开始，就被付与了一本书。从生到死按照“命运之书”记载的脚本生存下去的宿命。在此之中，持有空白脚本的“空白之书”出生的艾克斯，与同样拥有“空白之书”的同伴们相遇，踏上了寻找自己使命的旅程。这是一部被不断阅读过的童话故事。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
