在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
战无不胜的王牌特工君邪意外来到玄玄大陆，成为一个活着浪费空气，死了浪费土地的纨绔子弟君莫邪，其家族也深陷泥潭，苟延残喘。身体虽然是君莫邪的，心却是君邪的心，九幽天地无双客，亘古红尘我第一，且看君邪如何荡尽邪恶，快意恩仇，谱写一代传奇。
萧炎，主人公，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。4岁就开始修炼斗之气，10岁拥有了九段斗之气，11岁突破十段斗之气，一跃成为家族百年来最年轻的斗者。然而在12岁那年，他却“丧失”了修炼能力，只拥有三段斗之气。整整三年时间，家族冷遇，旁人轻视，被未婚妻退婚……种种打击接踵而至。 就在他即将绝望的时候，一缕幽魂从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！萧炎重新成为家族年轻一辈中的佼佼者，受到众人的仰慕，他却不满足于此。为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的修炼级别……
一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
七年前，凡人太子厉寒一家被七个仙人所杀，奄奄一息之际，他和妹妹厉瑶被传说中的无尽神域所救。七年后，厉寒归来，为了唤醒妹妹，他必须按神域要求不断提升修为守护苍生，与此同时他也誓要找到当年的凶手，报仇雪恨！但事情远比他想象的要复杂，随着真相一点点被揭露，厉寒必须要在报仇和报恩之间做出抉择……
算命为生的梁夕因一时善心救下仙人宇文青阳，被仙人传授万年真力和翻天印，从此踏上了修真之路。在宇文青阳的指示下，梁夕前往天灵门拜师学艺。而路途中，梁夕遇到了莫名亲切而一起同行的小白狐。 以天灵门作为修行起点的梁夕结识了朋友与师尊，又阴差阳错从妖兽身上获得了神秘兵器坎水刃。坎水刃乃是云麓仙居开山祖师的法宝武器，他们要求梁夕归还，但如果梁夕能让龙息淬炼坎水刃的话他们就不予追究，否则就要天灵门付出代价。看出云麓仙居是借故找茬的梁夕决心前往东海寻找龙族，却因为意外吸入龙族血液，成为了天地间第一位龙族外戚。在向龙神说明情况之后，梁夕达成了龙神提出的要求，成功让坎水刃被龙息淬炼，也救回了师门。 云麓仙居的出现不过是插曲，正值天灵门掌教青木道人突破金仙出关时，天灵门上空突然出现了空间裂缝，从中出现的双头老祖带着人面蜘蛛大举进攻，一度将梁夕掳到了人界之外，生命危机之时...
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
