15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
少年×少女×付丧神。 经过漫长岁月的器物，最终其有了“心”，即为付丧神的诞生。 因付丧神将重要的人夺走，因而憎恨著期的青年·岐兵马。 与六名付丧神同住，像“家人”般爱着他们的少女·长月牡丹。 于千年之都的京都，两人相遇了，并一起同住。 在前途多难的屋檐下，三者展开了交错的共同生活。 人与物。羁绊与恋情的付丧神物语。
