上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
由于年龄的原因，詹妮弗康纳利教授经常被描述为科学神童。她是我们的时代的天才，拥有 5 个博士学位，包括心理学、精神病学、神经病学、物理学和化学。詹妮弗的主要研究是梦境及其对清醒思维的影响。在过去的 6 年里，她的研究使她提出了一个理论，即有了合适的设备，她不仅可以观察和记录别人的梦境，甚至可能以潜意识的方式影响他们。为了证明这个理论，并相信它可能有军事用途，詹妮弗所在的牛津大学学院获得了一笔可观的政府拨款，用于制造她进入这个新的未知神经科学领域所需的设备。制造完成后，康纳利教授决定在自己身上进行实验，在睡着后，她遇到了一个人工智能“亚当”，这是她发明的意外副产品，也是她进入自己创造的世界的管道。
在这样一个未来世界里，科技似乎比以往任何时候都更具人性化特质，人们在面对爱情、失去和自我认同时，会感受到人与机器之间的界限正在逐渐消失。
