他为了死亡，选择了侦探之路…… 时为2030年代。 集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。 他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。 某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。 由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
西歷2017年東京上空突然出現謎之侵入者,其目的一切不明,之後人類與稱之為MU的敵人的超兵器戰鬥,世界各國的軍隊均遭到嚴重的打擊,然而在TOKYO JUPITER形成後地球連軍與敵方形成膠著狀態,直到2027年現在MU的潛在危險仍存在著,地球也持續對抗....... 。
主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。
东方院行人（下野紘 配音）是一个不太擅长和女孩子打交道的害羞少年，在一次负气出走中，倒霉的行人竟然遇见了百年难得一见的超级暴风雨。顺着海浪，行人漂流到了一座叫做蓝岛的岛屿上，而这竟然是一个全部都是女孩子的圣地！从来没有见过男孩子的女孩们对行人的到来产生了莫大的兴趣，为了避免混乱发生，岛上的长老决定举行一个“夫婿捉鬼游戏大会”，对于行人来说，他要做的唯一事情即是拼命逃跑。 在岛上，行人结识了傻萌的小铃（堀江由衣 配音），能干的铃音（千叶纱子 配音），巫女麻知（高桥美佳子 配音）以及一大帮善良有爱的朋友们，蓝岛快乐又惊险的生活开始了！
在这个世界上，存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中，在那里，设立了名为“脑机能异常对策室”的机构，专门解决怪灵带来的危险和麻烦。一条晴彦（下野紘 配音）是一年级新生，亦是对策室的成员，他拥有能够使用绘画封印怪灵的能力，是足智多谋的军师。 川神舞（上坂堇 配音）是一条晴彦的学姐，个性开朗行事冲动的她常常惹出不少的麻烦，和晴彦组成了搭档相互取长补短居然格外的般配。除此之外，温文尔雅的千金大小姐和泉玲奈（早见沙织 配音），特立独行的孤高展示水无濑小系（内田真礼 配音），这些孩子们集结在一起，为了保护他们挚爱的朋友和家园向怪灵发起了宣战。
