在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
大三学生叶不凡，为了给母亲筹集医药费碰瓷，不料遇到不按套路出牌的女司机，被撞之后的叶不凡无意中穿越到幻境，获得了古医门的传承，从此精通医术、修炼功法，获得无数美女青睐。
本片以苏东坡晚年第二次赴任杭州，与老友佛印（一心想将苏东坡渡入佛门）、辽国女粉丝耶律云（原型为高丽使者之子金富轼与金富辙合二为一，女扮男装、化名萧子云，千里迢迢赶赴杭州，试图将苏东坡请回辽国）、仇家吕子厚（原型为吕惠卿，吕升卿兄弟及章惇），儿子苏过等人的互动，通过回忆，倒叙与正常时间线交织的手法，描述苏东坡充满传奇的人生。
少年罗烈被意外选中召唤到异界，顶替他人的身份活下去。异界中大小势力割据，处处暗藏杀机。思乡心切的罗烈靠着坚韧的品性与魂穿时获得的神秘能力，在风云诡谲的局势中克服重重困难，突破自身极限，名震一方。然而，险象环生的困境、奸佞狡诈的诡计对他步步紧逼，在青梅竹马的舍命相助下，无心成为英雄的罗烈却意外走上了一条英雄之路，前方等待他的是万劫不复的深渊，亦或是拨云见日的光明？
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
