在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
上古末世，辉华族少女曦和自惨痛的族地叛乱中出逃，脱离穹冥魔族掌控踏上寻找屠魔神剑之路，掀起六军之战。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
吊儿郎当的咸鱼哥，依旧在鱼神岛上享受着平凡且快乐的日常生活。而来自南天门集团的神仙们，为了调查失窃的神牌位，打破了小岛原本的平静。 随着接二连三的意外事件发生，一个个围绕着“鱼神”与“海妖”的谜团，也因为咸鱼哥的意外卷入而慢慢展开。 面对种族的差异和世间的偏见，咸鱼哥将如何用他独特的处事之道，通过这次的考验呢．.
人类世界之外，藏着神秘而美好的叶罗丽仙境。这里的仙子因自然与人类世界的兴衰而生，也与万物命运相连。当人类世界灾难骤起，风云失色，失衡的力量逐渐波及仙境。危机之中，人类与仙子重新理解彼此，为守护两个世界共同的未来，倾尽所有，并肩而战。
