在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
新星历时代，星际联盟建立“伊甸园”系统，此后，人类自出生起便能远离一切痛苦烦恼。不幸的是，八大星系中仍有1%的人口无法接入“伊甸园”，他们被放逐到第八星系，成了人们口中的“残次品”。其时，联盟上将林静恒被人陷害，颠沛流离至第八星系，与满怀教育理想的青年陆必行相识。然而，生活看似平静，却暗流汹涌。联盟倾覆，海盗横行，二人只得带领“残次品”们展开星际冒险，揭开层层谜团。
沧南危机解决后，林七夜完成津南山为期一年的守夜人集训考核，成为了正式的守夜人后，重回136小队，与伙伴再度开启一场与古神教会的崭新较量……新的西方邪神亮相，人类天花板齐聚沧南，一场巨大的灾难风暴正悄然酝酿成型。
一段消失在尘烟的文明，远古的大佬们谋求着各自的成皇之路。一颗本为棋子的现代青年姜浩，为了找寻父亲的下落，踏入史前的大荒。借着自身并不完整的“充电宝”图腾，他与人斗，从原始部落到神秘的古城，他杀出一条生路；他与地斗，穿越大荒，猎杀远古的凶兽，从凶兽的身上，学会古老又神秘的图腾巫术；他与天斗，天外魔光乍现，要吞噬这瑰丽的六荒之地，他逆流而上，点燃自己，化为太阳，与天魔而战！搅天动地的他，殊不知命运的枷锁已经将其套牢，而父亲的微笑依然萦绕。
