本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在某个小岛上，有一个可以伪装成任何东西的廉价刺客，名叫伍六七。伍六七平时看上去是个理发师，其实背地里却做着刺客生意。他热爱理发事业，喜欢给人剪头发，善用剪刀——剪刀也是他的刺杀武器。由于初入刺客行当，行情十分廉价，因此接到的都是些奇葩的刺杀任务。在完成刺杀任务的过程中，他常与刺杀对象发生一系列有趣的意外事件，每次任务都被搞得乱七八糟。 伍六七其实是他的经纪人鸡大保从海边“捡”回来的，当时他重伤昏迷失去了记忆，没有人知道他的过去。鸡大保根据理发店门牌号给他取了个名字——伍六七，同时作为他的经纪人，以理发店为据点，替伍六七承接各种奇葩的刺杀任务。伍六七从来没有成功完成过刺杀任务，但却每次都能意外的化解雇主的仇恨。然而，由于从来没有成功刺杀过一个人，他的行情低落，只能混迹于刺客行业的底层，生活穷困潦倒。 在伍六七这个弱鸡刺客执行那些奇葩任务的过程中，他看到了很多人，经历了很多事。他开始渐渐的认清自我，身世之谜也渐渐浮出水面。慢慢地，也许有一天，他终将寻回自己失去的记忆。
随着小众的怪兽电影日趋没落，痴迷于怪兽片类型的导演——蒙奇，也对一直以来的坚持产生了迷惘……却没想到，有朝一日虚构的怪物竟然真实出现在他面前。为了能实现愿望，蒙奇决定与魔族少女莉雅合作，帮助她拍摄以魔族为主题的电影。然而跟随着拍摄进程，蒙奇却发现，异界的一切竟都与自己息息相关……
冷宫长大的三皇子刘凌有个不为人知的秘密，他的眼睛能看见“神仙”！看落魄少年刘凌偶遇从天而降的御姐神仙姚霁，在一群身怀绝技的前朝太妃帮助下，如何开启一场热血浪漫的逆袭成长之旅！来自不同世界的二人感情逐渐升温，却意外卷入一场迷雾重重的宫廷博弈中，神仙的秘密、太妃的谜团逐一揭开……
