超级飞侠乐迪接到一项新任务！一个神秘的包裹，一次跨越大洲的派送，乐迪却因此偶然介入了一场将世界陷于危机的恶作剧中。面对危机，乐迪和其他超级飞侠将发挥各自的救援能力，争分夺秒合力拯救世界！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
魔法王国的公主希娅拥有独特的宝石眼，她发现自己的梦境似乎能预言未来——在十八岁生日当天，她被卷入一场惊天阴谋，父亲险些因黑魔法丧命，自己也被放逐远方。随着希娅长大，命运中的人物相继出现，内敛冷酷的父王、自恋毒舌的魔法师、忠心耿耿的骑士、温柔腼腆的公爵独子、渴望亲情的女孩……勇敢善良的希娅能否逆转命运，守护自己和所有珍爱之人呢？
