李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
27岁现代女上班族遭遇车祸，意外穿越到天谕朝，附身到14岁的乞丐洛晓柒身上。她无意中遇到正在密谋寻找前朝太子下落的两位美男——少主与世子。毒舌少主阴差阳错成了洛晓柒的主子，而温柔世子居然是她的旧相识。小乞丐的真实身份与前朝种种也有着千丝万缕的联系，一切的背后又是谁在布局？层层迷雾后的真相正等待他们揭开。
宇宙流浪汉李约素无意中发现了多年前失踪的移民飞船“上佳”号，并目睹了令人惊惧的异常现象……人们逐渐发觉了正在逼近人类的巨大危险，几经周折最终科尼尔星域各方势力不得不合力应对强敌。孰料，异族的强大超乎想象，科尼尔星域人类在全军覆没之际，只得派出李约素向银河之心的强大人类文明求救……
“所有人都变成了琉璃一般的东西，然后他们都消失了……“ 长安惊现幻境危机，各方势力潜滋暗长，马蹄疾乱、剑锋争鸣，王者英雄少年李白能找到真正的幕后真凶吗？
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
