——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
回过神来，我只身一人站在地平线的中央。 环顾身边，没有任何的建筑物和人影。 束手无策地踱步之时，突然矗立在身后的「黄昏旅店」… 那是，存在于生与死之间的旅店。 为什么无法动弹？ 为什么……是我？ ――这是赌上性命的第二次比赛。
故事讲述了人们从出生开始，就被付与了一本书。从生到死按照“命运之书”记载的脚本生存下去的宿命。在此之中，持有空白脚本的“空白之书”出生的艾克斯，与同样拥有“空白之书”的同伴们相遇，踏上了寻找自己使命的旅程。这是一部被不断阅读过的童话故事。
大约 100 年前。为了寻求在母星中枯竭的生命能量”阿比特“的机械生命体从异次元来访。它们为了穿梭次元，将姿态收缩到手臂模样，降落在”阿比特“丰富的地球上，通过寄生在其他生物上而得以在地球上生活，并与一部分人类秘密接触，开始寻找”阿比特“。人们将那个模样的它们称为“机械臂”。 时间来到现代。某个封印着“机械臂”的立方体从大企业“镜集团”的研究设施中遗失了。偶然发现那个的普通中学生·光解开了立方体的封印。从那里出现的是沉眠了 100 年的“机械臂”阿尔玛。阿尔玛想要寄生在光的身上……光和阿尔玛的奇妙共同生活就这样意外开始了。
