在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
小师爷生长在江南古镇绍兴，在东方文化和老师爷的熏陶下，他立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。绍兴城中突发了几起盗窃案，并且作案手段一致。全是利用神仙粉使人神智不清，盗取钱财。因为受害者都不记得之前的事，小师爷只能地毯式搜索查找线索。查到孙氏米粮店时，孙不出的古怪行为引起了小师爷的注意。
胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
方寒与同伴前往归虚历练，一路上战天魔、斩神族，又因挑战仙道魁首太一门的权威被逼入太元仙府，反而因祸得福，修为大涨。逃脱生天之后的方寒恪守本心，护持同门，继续谱写属于自己的热血传说。
当游戏策划江城突然被拉进自己精心打造的数字世界时，他原本以为能在这片熟悉的地方游刃有余。然而，令他震惊的是，游戏中强大无比的魔王苏夜不知为何竟然觉醒了自我意识。苏夜不把江城当成主人，而是当成一个残忍创造了自己、随后又将自己抛弃在命定暴力生活中的神。为了逃回现实世界，江城被迫与苏夜结盟，踏上了一连串充满险阻的隐藏任务。然而，当现实与模拟之间的边界彻底消融时，真正的真相才浮出水面。江城发现自己的存在也不过是另一层复杂的代码，他意识到在一个庞大且层层叠叠的系统之中，他和苏夜是平等的。他们能否共同找到彼此存在的真正意义？
解开封印的绝世王者古玄尘，终于踏上了修行之途，在不断修炼变强的途中，他也了解到自己真正的身世，面对残酷的真相，古玄尘并不怨天尤人，他只愿以手中剑破除世间一切不公不义！他来到更广阔的世界，面对更强的敌人，演绎更辉煌的热血传奇！
主人公林峰本是天才机器人工程师，为了提升其所研发的超能机器人的机能，他费尽千辛万苦，从深渊之中挖掘出了神秘的上古至宝——祖龙之眸，而正当其欲将祖龙之眸的能量，转化入超能机器人之中时，龙眸内的神力被意外激发，引发时空漩涡，将林峰带到了崇尚武道的古神大陆，转世重生。重生的林峰被封印了前世的记忆，成为了一个只觉醒了治疗系武魂的平庸人士，备受冷眼，甚至惨遭未婚妻的悔婚。其未婚妻的族人为了斩草除根，狠心袭杀林峰。危机时刻，林峰觉醒了关于祖龙之眸的记忆，并惊喜发现龙眸的神力已成功与其所研发的超能机器人所融合。随后，在超能机器人的帮助之下，他逐渐掌控了祖龙之眸的神力，踏上了强者之路。
