曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的亚斯塔……这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。
现国（近藤孝行 配音）是一名平凡的普通青年，某一日，他来到了青锖学园任教，哪知道等待着他的，却是一段他怎么也想象不到的奇遇。原来，在这所学校里就读的学生们，每一个人都是一种枪械的化身，其性格亦反应了对应枪械的特性，在这里，现国会遭遇怎样的故事呢？ 外表乖巧可爱但到关键时刻就会暴走的芬子（野水伊织 配音）、身材姣好容貌秀丽却说着一口关西话的一六（富樫美铃 配音）、喜欢这芬子的希格（作图元相知 配音）、娇小可爱沉默寡言的艾儿（味里 配音）、有着双重人格的阿玖（古谷静佳 配音），在这些女孩子，或者说是枪械的包围下，现国的日常就此展开。
海崎新太（小野贤章 配音）的人生在二十七岁之时走入了死胡同之中，工作仅三个月就选择辞职，两次参加考研却均无功而返，想要找一个可以糊口的工作却屡屡失败受挫，新太不知道也不想知道，究竟还会有什么在未来等待着他。 某日，新太失魂落魄的走在街头，偶然遇见了一位名叫夜明了（木村良平 配音）的神秘男子，并邀请他参加一个看起来极为不祥的实验。在巨大的利益诱惑和保证能够找到工作的承诺面前，满腹疑虑的新太产生了动摇。按照要求，新太将要服下一颗神秘的药丸，之后，他的外表将会回到十七岁的样子，新太需要进入高中三年级就读，整个实验为期一年。就这样，新太回到了校园之中，在这里，等待着他的会是怎样的生活呢？
故事发生在名为“艾尔塔利亚”的都市之中，在那里，汇聚着来自世界各地价值连城的宝藏。收获祭即将拉开序幕，这盛大的庆典吸引了各地商人、游客前来参加，整个城市陷入了一片欢乐而躁动的海洋之中，据传说，祭奠当满，将出现流星缀满天空的壮观景象。 雷斯塔（冈本信彦 配音）是隶属于Oasis冒险团的道具师，某日，他受到了青梅竹马的好友卡丽娜（古山贵实子 配音）的邀请，来到了尚在建设之中的祭奠街道，在这里，两人偶遇了名为阿妮艾斯（水桥香织 配音）的街头艺人和名为切露西（今井麻美 配音）的神殿骑士，阿妮艾斯自称是排行世界第一的人偶师，而切露西则替盛典担任着警卫的职责。几人并不知道的是，当晚的流星将会彻底改变他们的命运。
动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。
