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影片故事讲述一名父亲倾尽所有去保护自己的女儿。

故事中每个人都被手机所控制，开始恶意攻击任何靠近他们的人，而这些“手机僵尸”并未死去，而是可以互相通信结成团伙…

在德国一座中世纪大学城的植物园中，一棵古老的银杏树静静矗立，见证着三个时代中人与自然之间的深层联结。1908年，大学首位女性学生透过摄影镜头，在植物的微观结构中发现宇宙的神圣秩序；1972年，一位沉默的青年在观察天竺葵的过程中，悄然改变了对世界的感知；2020年，一位来自香港的神经科学家在研究婴儿意识的同时，与这棵树展开一场意想不到的实验。

贵族学校圣阿尔特密斯女子学园，华贵骄傲的大小姐们自视甚高。平民女孩市立花（志田友美 饰）想尽办法进入这所梦寐以求的学府，可是身处其间备受歧视，只有外表冷峻的稻泽花（竹富圣花 饰）愿意出手帮她。某天放学后，老师要求学生尽快离校，但是市立花为了取手机返回教室，结果被原本还温文尔雅的青年男老师们抓了起来。当她再度醒来，发现自己和稻泽等同学被关在铁笼内，田筱老师要求女生们用手机参加名为“黄金之卵就职活动“，她们要按规则答题，一旦失误便将遭到无情屠杀。懵懂女孩命悬一线，最终能否逃出生天？ 　　本片根据女子组合私立恵比寿中学的同名歌曲改编。

影片的故事背景设定在虫兽与人类20年持久战之后的一次偷袭。面对这一前所未有的灾难，人类战警挺身而出，与异形虫兽展开了一场生死搏斗，誓死守护人类家园。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。