故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
故事以位于关东的某所小学为舞台，主要描写以该学校的6年2班中的CP——绫濑花日和高尾优斗、苍井结衣和桧山一翔的学校生活为中心展开的只属于12岁的淡淡的恋情与友情。
樱木雏子（市道真央 配音）是一个个性十分内向和害羞的女孩，然而，她的心中却怀揣着成为一名戏剧演员的梦想。为了实现自己的梦想，雏子决定推自己一把，离开了熟悉的故乡，前往首都，她希望在那里能够结识到新的朋友，磨练自己与他人交往的能力。 雏子住进了名为四季庄的宿舍里，让雏子没有想到的是，这里竟然是一家旧书店。在四季庄，雏子认识了很多朋友——个性开朗乐观喜欢吃书的奇怪少女夏川久依奈（富田美忧 配音）、平日里沉默寡言但一旦站在舞台之上就能够口若悬河的荻野千秋（东城日沙子 配音）、外表娇小可爱却一直十分努力的生活着的柊真雪（小仓唯 配音）。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
