末世来临，恐怖笼罩整个世界，地球成为丧尸和变异生物的狩猎场。贫穷少年赵天磊意外获得神秘超级系统，当他目睹眼前人间的惨状，以及身边人的逝去，又怎能做到袖手旁观？！且看拥有超级升级和兑换系统的赵天磊，带领人类与怪异对抗，恢复人类文明！
凭借魄力和勇气，凡体少年萧云在顿悟系统的帮助下，参加神体大能争夺大帝资格的战斗。可是，百万年前的大帝为何认识他！？未来的他为何留下笔记！？顿悟系统的真正来历又是如何！？所有平行世界将面临巨大危机，唯一拯救者是被众神召唤而来的地球少年！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
动画的故事来源于网络爆红冷笑话“吃饭睡觉打豆豆”的创新延续，述说了呆萌可爱的黄豆，神秘地出现在南极，与一群性格独特的企鹅朋友间的爆笑趣事。呆萌可爱的豆豆拥有极强的好奇心，仿佛有用不完的精力，但由于天生呆萌，经常做出一些让人啼笑皆非的事情。
