小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合体！ GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
