作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。 仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。 だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。 主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。 彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。 ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。 なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！ 伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。 一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！ こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。 一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。 だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。
